Format dan sistem Liga 2 musim ini akan berlangsung dalam tiga putaran utama.

Putaran pertama dimainkan oleh 28 tim atau klub yang terbagi atas 4 grup wilayah yang akan diinfokan oleh LIB pada kesempatan berikutnya.

Tujuh klub di masing-masing grup akan memainkan dengan sistem doble round robin, home dan away (kandang dan tandang) dengan jumlah total 168 pertandingan.

• Persiraja Banda Aceh Akan Tanding Lawan Klub Liga Malaysia Sebelum Liga 2 Bergulir

Setelah putaran pertama selesai, tim yang finis di peringkat 4 besar akan melaju ke babak 16 besar yang menjadi putaran kedua.

Sementara tiga tim terbawah masuk grup degradasi ke Liga 3 yang nantinya dihuni 12 tim.

Pada putaran kedua ini, semua tim akan memainkan laga tandang dan kandang, baik yang berada di babak 16 besar maupun 12 kecil (Degradasi Liga 3).

Kedua babak di atas masing-masing akan dibagi menjadi dua grup.

Babak 16 besar akan berisikan 8 tim di setiap grup, sementara 12 kecil akan diisi 6 tim.

Setelah semua pertandingan putaran kedua selesai akan dilanjutkan ke putaran ketiga.

Dua tim teratas yang berada di babak 16 besar berhak tampil di babak final four atau semifinal.

Sedangkan tiga tim terbawah di masing-masing grup 12 kecil akan degradasi ke Liga 3.

Di tahap ini, semua pertandingan akan berlangsung dengan sistem single match, mulai dari semifinal, perebutan tempat ketiga, dan grand final.

Tiga dari tim semifinalis berhak promosi ke Liga 1.

Sebaliknya, tiga tim terbawah dari Liga 1 2023/2024 akan turun ke Liga 2.

Tim yang akan degradasi ke Liga 3 nantinya berjumlah 6 tim.