Selanjutnya, persaingan Persija Vs Persib masuk ke ranah Liga Indonesia, kompetisi yang lahir dari leburan Perserikatan dan Galatama.
Persaingan keduanya di Liga Indonesia hanya sebatas adu gengsi sejarah. Keduanya tidak terlibat dalam perebutan gelar juara sama sekali.
Persib hanya mampu menjadi juara di Liga Indonesia 1994/95, bersaing dengan Petrokimia Putra yang dikalahkan dengan skor 1-0 pada laga final.
Sedangkan Persija menjadi juara Liga Indonesia 2001 usai mengandaskan perlawanan PSM Makassar dengan skor 3-2.
Tidak hanya adu gengsi dua tim ibukota, namun juga perselisihan kedua suporter tim yaitu, Bobotoh dan Jak Mania yang terjadi sejak tahun 1999, selalu menjadi bumbu yang mewarnai dari setiap laga.
Imbasnya beberapa kali laga ini sempat ditunda, salah satu tim menyatakan walk out (WO), berakhir dengan kisruh sampai memakan korban jiwa.
• Persib Bandung Tak Pernah Menang Lawan Persija Jakarta di 3 Pertemuan Terakhir
Salah satu contohnya terjadi pada Liga Indonesia musim 2005 lalu, dimana pertandingan yang seharusnya digelar pada 4 September 2005 lalu, urung terlaksana, lantaran pihak Persib Bandung enggan menggelar pertandingan di Stadion Lebak Bulus, karena faktor keselamatan.
Saat itu, puluhan ribu Jakmania tumpah ruah di Stadion Lebak Bulus, bahkan berhamburan di pinggir lapangan hingga menuju lokasi pertandingan, mengingat faktor keselamatan pemain dan tim, Persib Bandung memutuskan untuk kalah dengan status WO (walk out).
Hal ini membuat, Maung Bandung gagal melaju ke babak 8 besar Liga Indonesia 2005. Sedangkan Persija lolos ke babak 8 besar.
Kekhawatiran akan keselamatan pun dirasakan oleh Persija Jakarta pada pertandingan Indonesia Super League (ISL) musim 2013.
Dimana pertandingan Persib vs Persija di Stadion si Jalak Harupat, 3 Maret 2013, memaksa tim Macan Kemayoran harus datang dan pulang dari stadion yang berlokasi di di Kabupaten Bandung dengan menaiki kendaraan rantis Barracuda milik Polri, guna menghindari intimidasi Bobotoh.
Hal serupa pun pernah dialami oleh para pemain Persib Bandung pada gelaran Shopee Liga 1 tahun 2019 lalu.
Dimana Pertandingan Persib Bandung akan menghadapi Persija Jakarta yang berlangsung di Stadion Utama Gelora Bung Karno (SUGBK), Jakarta pada 10 Juli 2019 lalu.
Selain itu, kekhawatiran akan keselamatan dari penyelenggaraan pertandingan juga dirasakan oleh pihak pengamanan yaitu, Polri.
Dimana Polda Metro Jaya sampai harus mengeluarkan surat penundaan pertandingan kedua tim yang seharusnya berlangsung di Stadion SUGBK pada tanggal 28 April 2018 lalu kepada pihak panitia dan operator kompetisi, PT. Liga Indonesia Baru (LIB)
Pertandingan tersebut akhirnya diizinkan untuk digelar pada 30 Juni 2018, dengan perubahan lokasi menjadi di Stadion Perguruan Tinggi Ilmu Kepolisian (PTIK).